公元2000年，南极发生了大爆炸，冰封的大陆在一瞬间融化，引起世界海洋水位上涨甚至海啸，淹没了地球上的很大一部分陆地，随后，内战、民族纷争、自然灾害接踵而来，人类因此灭亡了一半。这次灾难被称为“第二次冲击”（The Second Impact)。在圣经《创世纪》记载中，神用洪水毁灭一切生物，只是指示挪亚制造方舟带上一家人和地球上的部分生物以重建家园，这被称为“第一次冲击”。联合国对外界说是外星来的巨大陨石撞击，其实是葛城探险队在南极意外地发现了亚当（第一使徒）的胚胎，结果因故发生大爆炸。在TV版和剧场版中没有对此作完整的说明，TV版中讲到在南极出现的与EVA非常相似的“光之巨人”（第二使徒）是造成爆炸的原因，还有后来的南极爆炸时出现的巨大天使翅膀。在剧场版中出现了光之巨人失控展开两对翅膀发生大爆炸的画面。 生这件事后，人们发现这些都和本世纪初在死海发现的神秘卷轴所记载的故事惊人地吻合，加上圣经中有关于最后审判日的预言、亚当的发现，都表明存在着“神”……
